近100年来，复旦大学与欧美同学会有着深厚的历史渊源。1905年7月1日，时任复旦大学校长李登辉教授在上海创立了寰球中国学生会，此为欧美同学会的前身。1913年又成立了上海欧美同学会，会长即是李登辉。1984年，上海市欧美同学会恢复成立以后，复旦大学的多位学长先后担任了重要职务。担任名誉会长的有谈家桢、苏步青、王生洪等，复旦大学前校长谢希德担任了上海市欧美同学会第四、五届会长，担任副会长或常务副会长的有谢希德、朱世能、陈洁、彭裕文等。

　　复旦大学分会第一届理事会成立于1988年12月20日，1996年3月进行换届，成立了第二届理事会。上海医科大学未建立上海市欧美同学会的校级组织，但有120多位归国留学人员分别参加了上海市欧美同学会留美分会、医务分会和哈佛大学校友会等分会组织。2000年4月27日，复旦大学与上海医科大学两校合并。在上海市欧美同学会和新的复旦大学党政领导班子的关心和支持下，2003年11月11日，两校合并后的上海市欧美同学会复旦大学分会第三届理事会正式成立。截至2013年7月，分会注册会员数为674人。

　　经过近25年发展，复旦大学分会不断茁壮成长，并形成了人文社科、理学工学、医药卫生三大专委会，针对不同学科和年龄段的会员特点，有分有合地开展联谊活动，举办各类专题讲座，服务社会公众，发展新会员，如举办Wiley-Blackwell Publication Workshop、国际形势报告会、“复旦教学大家谈”、“关爱精神病人，共创和谐社会”共建及义卖活动，等等，有效地提高了分会的活力和凝聚力。